Το 15% των ειδών ιππόκαμπων της Μεσογείου έχουν χαρακτηριστεί ως είδη υπό εξαφάνιση, σύμφωνα με τη Διεθνή Ένωση Προστασίας της Φύσης. Χαρακτηριστικό είναι ότι για πρώτη φορά τοποθετήθηκαν 14 είδη ιππόκαμπων και συγγναθίδων στη λίστα με τα είδη προς εξαφάνιση.
Οι ιππόκαμποι απειλούνται κυρίως από την απώλεια των υγροβιότοπων και της υποβάθμισης που προκαλείται από την παράκτια ανάπτυξη και εξαιτίας των καταστροφικών αλιευτικών εργαλείων όπως τράτες και δίχτυα. Επίσης, παρατηρείται ότι η εξαφάνισή τους συντελείται και κατά την αλιεία με τράτα άλλων ειδών. Μάλιστα αντί να απελευθερωθούν, διατηρούνται σε ενυδρεία ή πωλούνται ως θρησκευτικά φυλαχτά, ενώ χρησιμοποιούνται και σε παραδοσιακά φάρμακα.
Για να αντιμετωπιστούν αυτές οι αυξανόμενες απειλές, τα απειλούμενα είδη ιππόκαμπου, Hippocampus Hippocampo και Hippocampus guttulatus με μείωση της τάξεως του 20-30% του πληθυσμού τους κατά τις τελευταίες δεκαετίες, ήδη έχουν τεθεί υπό προστασία μέσω της Σύμβασης για το Διεθνές Εμπόριο Απειλούμενων Ειδών της ‘Αγριας Πανίδας και Χλωρίδας. Παράλληλα, περιλαμβάνονται και στο παράρτημα ΙΙ των Ειδικά Προστατευόμενων Περιοχών και της Βιολογικής Ποικιλότητας (SPA / BD) του πρωτοκόλλου της σύμβασης της Βαρκελώνης. Επιπλέον, ορισμένες Μεσογειακές χώρες, όπως η Σλοβενία προστατεύουν τον ιππόκαμπο μέσω της εθνικής τους νομοθεσίας.
